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Al fondo de la boca tenemos la faringe, donde comienza la siguiente etapa de la digestión, está compuesta de tejido muscular y membranoso y se encuentra detrás de la boca y desciende ocupando parte del cuello. En la faringe se unen el sistema digestivo con el respiratorio, ya que se comunica con las fosas nasales y las trompas de Eustaquio. Por debajo se bifurca en la laringe, que es parte del sistema respiratorio; y el esófago. Al deglutir, al tragar los alimentos se activa la epiglotis que cierra el paso hacia la laringe para que el bolo alimenticio descienda por el esófago. La deglución es un reflejo involuntario que por lo regular funciona sin ningún problema. En algún momento el alimento se pudiera desviar hacia la laringe; en ese caso sobreviene la tos, que es el mecanismo natural del organismo para regresar el alimento hacia la faringe. Los problemas de deglución, llamados afagia, suelen darse en la infancia, cuando el sistema nervioso aún no está bien desarrollado; o en edad avanzada a consecuencia a trastornos del sistema nervioso.
El esófago es un tubo que conecta la faringe con el estómago, está formado principalmente por músculos; mide unos 25 a 33 centímetros en los adultos y cruza todo el tórax por detrás del esternón. La musculatura le permite al esófago transportar los alimentos y evitar que regresen hacia la boca, aun cuando la persona se encuentre de cabeza. El esófago comienza con el esfínter superior, inmediatamente debajo de la faringe, un músculo con forma de anillo que por lo regular permanece cerrado para evitar que el aire entre al esófago; tan solo se abre en el momento de la deglución. En el extremo inferior se encuentra otro esfínter que sella el paso entre el esófago y el estómago; cuando se daña o tiene disfunción el bolo alimenticio regresa hacia el esófago, y debido a los ácidos del estómago causa irritación y malestar, condición llamada reflujo gastroesofágico.
En el estómago los alimentos se descomponen mediante procesos mecánicos y químicos. Se encuentra debajo del diafragma y su forma puede cambiar según se encuentre lleno o vacío, o de acuerdo a los movimientos de la digestión. Se divide en: el cardias que es donde se conecta con el esófago, el fondo que es la parte superior, el cuerpo es la parte más grande y la porción pilórica que es donde conecta con el duodeno.
El estómago secreta los jugos gástricos y la mucina: diversas sustancias como la pepsina (una encima), y el ácido clorhídrico producidas por las glándulas gástricas ayudan a descomponer los alimentos en moléculas más simples. El estómago esta recubierto de una sustancia especial que lo protege de los ácidos estomacales. En el estómago el bolo alimenticio se va convirtiendo en quimo y luego pasa a través del píloro, en la parte inferior del estómago, hacia al duodeno, que es la primera porción de intestino delgado.
El estómago consta de 3 capas una externa o serosa. La capa intermedia que está formada por diferentes tejidos de fibras musculares lisas, unos dispuestos en sentido longitudinal, otros en sentido circular y otros más en sentido oblicuo, esto permite tener contracciones en varios sentidos para poder mezclar adecuadamente los alimentos con los jugos gástricos. Por dentro del estómago esta una capa mucosa con diversos pliegues. El estómago se protege de los jugos gástricos mediante las prostaglandinas, las células epiteliales, bicarbonato y secreción de moco gástrico.